组织病理学改变一般为混合性、化脓性、坏死性炎症反应。由于血管栓塞和曲霉毒素的作用，坏死常较严重。
慢性侵袭性肺曲霉病通常表现为局限性肉芽肿性损害，见巨细胞、中性粒细胞和嗜酸性粒细胞等，日久有纤维化并逐渐加重。慢性非侵袭性肺曲霉病在肺中形成真菌球，实际上是无数曲霉菌丝交织缠绕在一起形成的曲霉菌团，位于肺中上部。曲霉球的菌丝一般不侵入周围的组织，有时曲霉球外围有不规则的嗜酸性物质，即Splendore-Hoeppli现象。
HE染色可发现多数曲霉菌丝，偶呈嗜酸性。在坏死组织中菌丝颜色较淡，有时不易辨清，可选择GMS染色。
